Die Straße wurde im Jahre 1698 auf dem kurfürstlichen Vorwerksgarten angelegt und erhielt ihren Namen von der an der Spree gelegenen Ziegelei. Für klinische Einrichtungen der Universität wurden bald nach deren Gründung die Grundstücke Ziegelstraße 5 und 6 eingerichtet, aus denen sich die späteren umfangreichen Anlagen der königlichen Klinik entwickelten. Heute befinden sich in diesen Gebäuden Einrichtungen der Charité, der medizinischen Fakultät der Humboldt-Universität zu Berlin.