Ab 1610 wirkte er als Professor in Ingolstadt, Innsbruck, Freiburg im Breisgau, zeitweilig auch in Wien und Rom. 1622 wurde er Rektor des Jesuitenkollegs in Neisse. 1603 erfand er den Pantographen (Storchschnabel), 1611 entdeckte er, unabhängig von Fabricius und Galilei, die Sonnenflecken. Er baute als erster das auf Keplers Theorie basierende Fernrohr mit zwei Konvexlinsen. Scheiner beschrieb auch als erster das umgekehrte Bild auf der Netzhaut des Auges.