Litfaß, dessen leiblicher Vater kurz nach seiner Geburt starb und dessen Mutter später den Berliner Buchdrucker und Buchhändler Leopold Wilhelm Krause, machte zunächst eine Lehre zum Buchhändler. Nach Beendigung der Ausbildung versuchte er sich erstmal in der Schauspielerei, bevor er 1845 in das Buchhandelsgeschäft einstieg. Mit dem Tod seines Stiefvaters im Januar 1846 übernahm er das Geschäft des Druck- und Verlagshauses. Mit der Herausgabe des „Declamatoriums“ erhöhte sich der Kundenstamm und die Umsätze stiegen. Er publizierte auch diverse Zeitungen und Flugschriften (der Berliner Krakehler wurde später verboten), setzte aber auch die Verlegertätigkeit seines Stiefvaters fort und gab 1856 den 246. Band der von Johann Georg Krünitz begründeten „Oeconomische Encyclopädie“ heraus.
Seine Berühmtheit erlangte er jedoch in seiner Funktion als Buchdrucker. Er führte in seiner Werkstatt Schnellpressen und den Buntdruck nach französisch-englischem Muster ein und konnte so großformatige Anschlagzettel, die später Litfaßzettel genannt wurden, herstellen. Um die Wildplakatierung in der Stadt zu unterbinden, schlug er den Berliner Behörden vor, Säulen aufzustellen, an denen die Menschen ihre Plakate anbringen konnten. Im Dezember 1854 wurde die erste Säule genehmigt und Litfaß erhielt bis 1865 das Monopol, seine Litfaßsäulen aufzustellen.
1865 wurde er aufgrund seines Arbeitseifers zum königlichen Hofdrucker ernannt.
Ernst Litfaß hat ein Ehrengrab auf dem Dorotheenstädtischen Friedhof in Berlin.