Benannt nach dem Joachimsthalschen Gymnasium, der Gelehrtenschule, die Kurfürst Joachim Friedrich, der Namensgeber für die brandenburgische Stadt Joachimsthal, in der Schorfheide im dortigen kurfürstlichen Jagdschloß einrichten ließ. Sie wurde 1607 eingeweiht. Die Schule widmete sich vor allem der Musikpflege. Sie war für 120 junge Leute aus Adel und Bürgertum geplant. Die Einkünfte aus einigen Klöstern und Amtsdörfern sollten den Unterhalt der Fürstenschule decken. Schüler, für die dieses Kontingent nicht ausreichte, mußten selbst für ihren Unterhalt sorgen. Während des Dreißigjährigen Krieges, als die Schweden in die Mark Brandenburg einfielen, zerstreuten sich Lehrer und Schüler. Eine kleine Anzahl von Schülern und Lehrern sammelte sich 1650 in Berlin, die Köllnische Schule und das in der Heiligegeiststraße neu eröffnete Joachimsthalsche Gymnasium wurden zusammengelegt. Doch bis der Lehrbetrieb wieder in voller Blüte war, vergingen noch ein paar Jahre. 1667 bezog das Gymnasium an der Straße An der Langen Brücke am Wasser (heute Burgstraße) in Berlin einige Zimmer eines Hauses. 1690 wurde für das Joachimsthalsche Gymnasium mit dem Bau eines neuen Gebäudes begonnen, das aber erst 1717 fertig war. Berühmte Persönlichkeiten, wie Professor Meierotto (Rektor), sind mit dem Ruhm dieser Schule verbunden. 1880 bezog das Gymnasium dann einen Neubau auf der Wilmersdorfer Feldmark.