Die Kolonie wurde 1893 gegründet und hatte 1908 bereits 3 600 Einwohner. Durch die Ansiedlung mehrerer großer Betriebe entwickelte sich Wilhelmsruh schneller als die anderen Teile Rosenthals, zu dem es anfangs gehörte, und hatte bereits Anfang des 20. Jahrhunderts regulierte und gepflasterte Straßen. 1906 erhielt es eine eigene Kirche, 1911 eine eigene Schule. Bei der Eingemeindung 1920 wurde es dem Bezirk Reinickendorf zugeschlagen, kam jedoch beim Flächenaustausch 1938 wieder zu Rosenthal und damit zu Pankow. Zu DDR-Zeiten war Wilhelmsruh ein eigenständiger Ortsteil, nach der Wende gehörte es zu Rosenthal. Seit Januar 2001 ist Wilhelmsruh wieder Ortsteil. Es gehört zum Bezirk Pankow, der Anfang 2001 aus den ehemaligen Bezirken Prenzlauer Berg, Weißensee und Pankow gebildet wurde.