Van't Hoff besuchte das Polytechnikum in Delft und studierte Mathematik an der Universität Leiden. Weitere Studien folgten in Bonn und Paris. 1874 promovierte er in Utrecht zum Doktor der Naturwissenschaften. Ab 1878 Professor der Chemie in Amsterdam, ab 1896 an der Berliner Universität. Er war Mitglied von über 50 wissenschaftlichen Gesellschaften und Akademien, u. a. auch der der Wissenschaften in Berlin. Van't Hoff gilt als der Begründer der Stereochemie. 1901 erhielt er den Nobelpreis. Er wurde auf dem St.-Annen-Friedhof beigesetzt.