Er umfaßt 376 Hektar und ist bis sieben Meter tief. Seine größten Inseln sind der Seddinwall, der Nixenwall, der Dommelwall und die Insel Berg, weitere Inseln sind Werderchen und Weidenwall. Am See liegt der Seddinberg mit 63 m ü. M. Der Seddinsee ist ein Teil der Spree und hat mit dem Gosener Kanal Verbindung zum Dämeritzsee. Vom Seddinsee geht auch der Oder-Spree-Kanal ab. Im Westen ist er mit dem Langen See und dem Zeuthener See verbunden.