Der Pfarrerssohn studierte evangelische Theologie. Er war zunächst in der Inneren Mission und im Pfarramt in Hamburg, Frankfurt am Main und in Langenberg tätig. Er schloß sich der christlich-sozialen Bewegung an. Seit 1894 gab er verschiedene Zeitschriften, so "Die Hilfe", dann "Die Zeit" und "Nation" heraus. 1897 gab er seine kirchliche Tätigkeit auf und lebte als Schriftsteller in Berlin. 1896 gründete Naumann den Nationalsozialen Verein, nach dessen Scheitern trat er 1903 der Freisinnigen Vereinigung bei. Die parlamentarische Demokratie sah er als Voraussetzung für die Lösung der sozialen Probleme, außenpolitisch unterstützte er eine imperalistische Expansionspolitik. 1899 erschien der "Arbeiterkatechismus oder der wahre Sozialismus". 1910 war Naumann einer der Gründer der Fortschrittlichen Volkspartei, von 1907 bis 1918 gehörte er mit kurzer Unterbrechung dem Reichstag an. 1918 war er Mitbegründer, seit Juli 1919 Vorsitzender der Deutschen Demokratischen Partei, die er auch in der Nationalversammlung vertrat. Die 1917 von ihm gegründete Staatsbürgerschule ist ein Vorläufer der 1920 gebildeten Deutschen Hochschule für Politik. Nach ihm ist die FDP-nahe Naumann-Stiftung benannt. Sein Schüler und Mitarbeiter, der spätere Bundespräsident Theodor Heuss, hat über Naumann eine Biographie verfaßt. Naumann hat ein Ehrengrab in Schöneberg auf dem Alten Kirchhof der Zwölf-Apostel-Gemeinde, Kolonnenstraße 24–25