Möller war um 1900 Pfarrer in Zehlendorf, von 1919 bis 1925 Präses des Evangelischen Oberkirchenrats in Berlin. Ab 1922 war er zugleich Erster Präsident des Deutschen Evangelischen Kirchenbunds, an dessen Gründung er ebenso beteiligt war wie an der Verfassung der Evangelischen Kirche in Preußen.