Er besuchte das Gymnasium in seiner Geburtsstadt und begann 1802 eine kaufmännische Lehre in der herzoglichen Tuchfabrik, die ihm jedoch zu eintönig war. 1804 erhielt er die Erlaubnis zum Studium der Medizin an der Tübinger Universität. 1808 promovierte er und unternahm eine einjährige Studienreise durch deutsche und österreichische Städte. Bei seinem Bruder Johann Georg Kerner (1770–1812) durfte er in einer von diesem in Hamburg geleiteten Klinik praktische medizinische Erfahrungen sammeln. 1812 wurde Kerner Unteramtarzt in Welzheim, ab 1815 war er Oberamtsarzt in Gaildorf. Von dort wechselte er 1819 als Oberamtsarzt nach Weinsberg, Kreis Heilbronn. 1822 ließ er sich dort mit seiner Ehefrau als Arzt nieder und baute ein "Arzthaus". Er freundete sich mit Ludwig Uhland (1787–1862) und Gustav Schwab (1792–1850) an. Als Lyriker und Prosadichter gehörte Kerner der spätromantischen schwäbischen Dichterschule an und beschäftigte sich auch mit parapsychologischen Fragen. Zu seinem Freundeskreis zählten Ludwig Tieck (1773–1853), Eduard Möricke (1804–1875), Nikolaus Lenau (1802–1850) und Ferdinand Freiligrath (1810–1876). Er schrieb u. a. "Die Seherin von Prevorst" (1829), "Reiseschatten" (1811) sowie die Autobiographie "Das Bilderbuch aus meiner Knabenzeit" (1849).