Nach dem Studium von Germanistik, Kunstgeschichte, Philosophie, Psychologie und Theaterwissenschaften war er einige Zeit beim Kabarett tätig und fungierte als Mitbegründer des 1935 verbotenen Kabaretts "Die vier Nachrichter". 1932 erhielt er seine erste Filmrolle. Ab 1939 wirkte er als Drehbuchautor und Regisseur bei vielen Filmen, z.B. "Große Freiheit Nr. 7" (1944), "Des Teufels General" (1955), "Der Hauptmann von Köpenick" (1956). Käutner inszenierte auch an verschiedenen Berliner Bühnen wie dem Hebbel-Theater, dem Schillertheater, dem Renaissance-Theater und der Freien Volksbühne. Sein Ehrengrab befindet sich auf dem Landeseigenen Waldfriedhof Zehlendorf.