Sie wuchs bei ihrem Vater, der ihre Mutter – einst seine Hausangestellte – aus Standesgründen verstoßen hatte, auf und wurde von ihm adoptiert. Ihr Studium an den Berliner Kunstschulen 1921 bis 1924 schloß sie als Zeichenlehrerin ab. In jener Zeit änderte sie auch ihren Vornamen in Helen. Neben ihrer Anstellung als Zeichenlehrerin für Mode an der Kunstgewerbe- und Handwerkerschule Berlin war sie Pressezeichnerin, Grafikerin sowie Kostüm- und Modeberaterin. Ihre Ehe mit dem Maler, Bühnenbildner und Schriftsteller Wolf Hildebrandt 1929 hielt nur zwei Jahre. Durch Kontakte mit ihrer in Armut lebenden Mutter beschloß sie, sich politisch zu engagieren. 1931 trat Helen Ernst in die KPD ein, arbeitete bei der Roten Hilfe mit und zeichnete für die „Illustrierte Rote Post“. Sie unternahm Reisen nach Zürich, ins Tessin und nach Paris und schloß Freundschaft mit Lea (1906–1977) und Hans Grundig (1901–1958). Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 wurde sie mehrmals verhaftet, ihre Zeichnungen wurden beschlagnahmt und vernichtet. 1934 emigrierte sie in die Niederlande und arbeitet als Pressezeichnerin unter dem Pseudonym „Skorpio“ Mit Eva Raedt-de Canter schrieb sie den von ihren Erlebnissen in deutschen Gefängnissen erzählenden Dokumentarroman „Vrouwengevangenis", der 1935 erschien. 1936 bis 1940 arbeitet sie als Lehrerin an der Nieuwe Kunstschool in Amsterdam. Nach einer Ausstellung der Kunsthandlung Aalderink wurde ihr wegen „Verstoßes gegen die Belange des Deutschtums im Ausland" die deutsche Staatsbürgerschaft aberkannt, da sie Porträts ihrer farbigen Freunde ausgestellt hatte. Als 1940 die Niederlande besetzt wurden, deportierte man Helen Ernst wegen „antideutscher Hetzpropaganda“ nach Deutschland, inhaftierte sie 1941 bis 1945 im KZ Ravensbrück und danach im Außenlager Barth in Mecklenburg. Nach der Befreiung lebte sie in Schwerin und arbeitete beim Landesausschuß für die Opfer des Faschismus, dessen Leiter, Paul Beckmann, sie heiratete. Sie versuchte mit Zeichnungen über Ravensbrück künstlerisch neu zu beginnen, nach einer Anklage wegen angeblicher Spitzeltätigkeit im KZ verließ sie jedoch jeglicher Kampfgeist. Erst durch eine Bürgschaft von Hans Grundig im Januar 1948 wurde sie rehabilitiert. Helen Ernst starb zwei Monate später an den Folgen der Lagerhaft und wurde in Groß Zicker (Insel Rügen) beigesetzt.