Das Gründungsjahr der vom Deutschen Orden angelegten Siedlung ist nicht bekannt, erstmals wurde sie 1316 als Ilienburg, später als Ilgenburg erwähnt. 1326 erhielt sie Stadtrecht. In den Kriegen zwischen dem Orden und Polen war sie heftig umkämpft. Sie wechselte häufig den Besitzer. Im 19. Jahrhundert ging ihre Bedeutung durch die ungünstige Verkehrslage - erst 1910 Eisenbahnanschluß - immer mehr zurück. Im Ergebnis des Zweiten Weltkriegs kam die Stadt zu Polen. Die mittelalterliche Bastion ist heute noch erhalten. Gilgenburg ist Touristenzentrum.