Er besuchte das Gymnasium in Wetzlar und Bonn. Nach Studium der Chemie in Bonn und Promotion 1874 in Straßburg war er als Unterrichtsassistent tätig. 1875 entdeckte er das Phenylhydrazin. 1876 wurde er außerordentlicher Professor in München. Seine Entdeckungen schufen die Grundlagen für die Entwicklung der Chemie der Zellkernstoffe. 1882 übernahm Fischer ein Ordinariat in Erlangen. Seine Arbeiten führten zur Synthese der Glucose. Er beschäftigte sich mit der Nucleinsäure u. a. Eiweißstoffen. 1885 war er Professor in Würzburg, dann in München, Erlangen, Würzburg und Berlin. Fischer gehörte zu den bedeutendsten Naturstoffchemikern des 19./20. Jahrhunderts und erhielt 1902 den Nobelpreis für Chemie. Er war Mitbegründer der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft. Er ist auf dem Landeseigenen Friedhof Wannsee, Lindenstraße, bestattet.