Er entstammte einer Patrizier- und Kaufmannsfamilie und erlernte den väterlichen Beruf, der ihn auch in die Niederlande führte, von wo er 1484 nach Lissabon übersiedelte. Neben seiner Haupttätigkeit als Kaufmann beschäftigte sich Behaim mit Kosmographie und Navigation. Er folgte einer Einladung des portugiesischen Königs Johann II. (João, 1455–1495), der ihn bereits zwei Jahre zuvor in ein Gelehrtengremium zur Erforschung der Navigationsmethoden berufen hatte. Hier wurde er Mitglied der portugiesischen Seefahrtskommission. Im Sommer 1490 mußte er wegen Erbschaftsangelegenheiten nach Nürnberg zurück. Behaim hielt sich drei Jahre in seiner Vaterstadt auf. In dieser Zeit befaßte er sich gemeinsam mit dem Maler Georg (Jörg) Glockendon d. Ä. († 1514) mit der Anfertigung eines Erdglobusses. Dies war der wohl erste Versuch, eine vollständige, sorgfältig zusammengetragene, geographische Karte der damals bekannten Erde zu erzeugen Es ist das älteste heute noch existierende Exemplar eines Erdglobusses und als Behaimscher „Erdapfel“ bekannt geworden. Der Globus gilt als ein Zeugnis des geographischen Weltbildes zur Zeit von Christopher Kolumbus (1451–1506) unmittelbar vor dessen großer Entdeckungsreise. Nach einer Restaurierung 1823 durch die Familie Behaim ging der Globus 1937 in den Besitz des Germanischen Nationalmuseums über, wo er heute noch zu bewundern ist. Behaim kehrte 1494 nach Lissabon zurück, verlor aber 1495 sein Amt bei Hofe.