Er war als Mediziner und auf vielen anderen wissenschaftlichen Gebieten in München und Mainz tätig. 1660 konvertierte er zum Katholizismus und wurde Leibarzt des Reichskanzlers und Kurfürsten Johann Philipp von Schönborn (1605–1673) in Mainz. An der dortigen Universität promovierte Becher 1661 zum Dr. med. 1664 wurde Becher Hofarzt in München. Er gründete im selben Jahr die erste Seidenmanufaktur in München. Als Chemiker gelang ihm als erstem die Gewinnung von Leuchtgas und Teer aus Steinkohle. Als Vorsteher eines Wiener Zuchthauses setzte sich Becher für das Prinzip der Erziehung durch körperliche Arbeit ein. Er pflegte eine breite wissenschaftliche Korrespondenz mit den Intellektuellen seiner Zeit. 1678 war er am Hof von Güstrow, und ab 1679 lebte er in London. Zwischen 1667 und 1669 entstanden seine wissenschaftlichen Hauptwerke „Physica subterraneae“ und „Methodus didactica“. Becher sprach sich für eine Ständeregierung aus und vertrat den Merkantilismus.