Die Kolonistensiedlung Müggelheim wurde im Jahre 1747 für zwanzig protestantische Bauernfamilien aus der Pfalz angelegt. Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts kaum erweitert, erfolgte die Ausdehnung des Ortes nach Norden und Süden erst in den zwanziger Jahren des 20. Jahrhunderts und während des Zweiten Weltkrieges. Vorher Ortsteil des Verwaltungsbezirks Köpenick, gehört es seit der Bezirksfusion 2001 zum Bezirk Treptow-Köpenick.