1753 wurde auf einem Terrain, das ehemals zur Rudower Feldmark gehörte, durch den Kammerherren Johann Werner ein Gut angelegt. Er hatte die Auflage, zehn Kolonistenfamilien dort anzusiedeln. 1840 lebten in dieser Region dann 132 Menschen. 1880 wurde aus dem Guts- und Gemeindebezirk der Ort Johannisthal, der sich aufgrund des günstigen Bahnanschlusses bald zu einem beliebten Naherholungsgebiet entwickelte. 1875 war eine Haltestelle der Görlitzer Bahn dort eingerichtet worden. Seit 1885 hatte es Wasseranschluss, und 1902 begann der Ausbau der Kanalisation. Im September 1909 wurde der Johannisthaler Flugplatz in Betrieb genommen. 1920 wurde Johannisthal ein Ortsteil des Berliner Verwaltungsbezirks Treptow. Seit der Bezirksfusion 2001 gehört es zum Bezirk Treptow-Köpenick.