Das Dorf wurde 1375 als Benistorp bzw. Bonenstorf erwähnt, ist aber vermutlich schon um 1200 gegründet worden. Es gehörte meist Bürgern von Berlin-Cölln, seit 1651 auch den brandenburgischen Herrschern. Zunächst war Bohnsdorf dem Amt Köpenick, seit 1811 dem Amt Mühlenhof unterstellt. Aus einem 1651 gebildeten Vorwerk entstand 1763 die Kolonie Neu-Bohnsdorf. Die Kolonie und das nun als Alt-Bohnsdorf bezeichnete Dorf wurden 1865 zu einer Gemeinde vereinigt. 1920, bei der Bildung der Stadtgemeinde Berlin, wurde Bohnsdorf Teil des Bezirks Köpenick, 1938 kam es zu Treptow. Seit der Bezirksfusion 2001gehört es zum Bezirk Treptow-Köpenick.