Gerstner studierte Philosophie in Prag und setzte seine Ausbildung am Polytechnischen Institut in Wien fort. Ab 1817 hatte er ein provisorisches Lehramt für praktische Geometrie am selben Institut inne. 1818 wurde er zum Professor für praktische Geometrie am Wiener Polytechnikum ernannt. 1822 unternahm Gerstner eine Studienreise nach England. Am 7.9.1824 bekam Gerstner die kaiserliche Erlaubnis, die erste pferdebetriebene Eisenbahn auf dem europäischen Festland von Budweis nach Linz zu bauen, die 1830 vollständig fertiggestellt war. 1837 baute er die erste Eisenbahnstrecke in Rußland von St. Petersburg nach Zarskoje Selo. Im November 1838 reiste Gerstner nach Nordamerika, wo er 1840 verstarb.