Sie bestand am 19.3.1914 am Werner-Siemens-Realgymnasium die Reifeprüfung, studierte Nationalökonomie, Philosophie, Geschichte und Jura an der Berliner Universität und promovierte am 12.3.1924. Margarete Sommer unterrichtete an der Wohlfahrtsschule des Katholischen Deutschen Frauenbundes, am von Anna von Gierke (1874–1943) geleiteten "Jugendheim" und an der von Alice Salomon(1872–1948) gegründeten Sozialen Frauenschule. Am 1.10.1927 wurde sie hauptamtliche Dozentin am Fürsorge-Seminar des Pestalozzi-Fröbel-Hauses. Aus diesem Amt entließ man sie Mitte 1934. Sie war danachGeschäftsführerin im „Katholischen Fürsorgeverein für Frauen, Mädchen und Kinder“. Ab Anfang 1939 arbeitete Sommer im Bischöflichen Ordinariat in Berlin mit und war Diözeseanleiterin für Frauenseelsorge. Bischof (später Kardinal) Konrad von Preysing (1880–1950) berief sie zur Sachbearbeiterin für Frauenseelsorge und zog sie zunehmend zur Mitarbeit im "Hilfswerk beim Bischöflichen Ordinariat Berlin" heran. 1941 wurde sie Geschäftsführerin des Hilfswerkes für katholische "Nichtarier". Diese Hilfsorganisation war bereits im August 1938 gegründet worden und hatte die Aufgabe, Menschen jüdischer Herkunft vor Verfolgungen zu schützen bzw. ihnen bei der Deportation in den Tod beizustehen. Mit ihrer Hilfe konnten zahlreiche Menschen in der Herz-Jesu-Kirche, Schönhauser Allee 182, vor ihren Verfolgern versteckt werden. Nach der Zerschlagung der faschistischen Herrschaft arbeitete sie bis 1946 in der Frauenseelsorge im Osten Berlins. Am 1.4.1960 wurde sie pensioniert, verfolgte aber weiterhin die Diskussionen über die Rolle der Katholischen Kirche während der Zeit des Faschismus. 1946 wurde Sommer mit der päpstlichen Auszeichnung "Pro ecclesia et pontifice" geehrte. 1953 erhielt sie das Bundesverdienstkreuz I. Klasse, 1961 nahm sie der Senat in die Reihe der "Unbesungenen Helden" auf. 2003 verlieh ihr der Staat Israel postum durch die Gedenkstätte Yad Vashem den Titel "Gerechte unter den Völkern".