Der Sohn des Baumeister Johann Georg Blankenstein (1793-1860) absolvierte zunächst eine Feldmesserausbildung. Nach dem Militärdienst 1849 begann Blankenstein ein Studium an der 1799 eröffneten Königlichen Bauakademie in der Werderstraße in Mitte. 1851 legte er die Bauführerprüfung und bis 1856 die Examen für den Landbaumeisterabschluß ab. Nach dem Sammeln praktischer Erfahrungen ging Blankenstein 1856 nach Stettin. 1862 bestand er die Wasser-, Wege- und Eisenbahnbaumeisterprüfung. Ein Jahr darauf wurde er nach Stargard (Pommern) versetzt. Johann Heinrich Friedrich Adler (1827–1908) empfahl den talentierten Kollegen der Ministerial-Bau-Kommission, in der Blankenstein 1865 eine Anstellung fand. Zugleich lehrte er bis 1872 an der Bauakademie. Vom 7.4.1872 bis zum Juni 1896 war er in Berlin Stadtrat für Hochbau. 1880–1889 und 1891 war er Vorstandsmitglied des Architekturvereins zu Berlin, 1881–1901 Mitglied der Akademie des Bauwesens. Seine Wahl zum Baustadtrat wurde 1884 auf zwölf Jahre verlängert. 1882 war er Mitglied der Jury, die über die Wahl des Entwurfs für das Reichstagsgebäude entschied. Blankenstein entwarf und baute in Berlin 120 Schulen, ferner Krankenhäuser und andere öffentliche Gebäude. Er lieferte z. B. die Entwürfe für die Erweiterung des Preußischen Landtags und für den Schlacht- und Viehhof. Seine Handschrift an diesen Bauten ist erkennbar an den gelben Ziegelwänden, die mit roten Zierstreifen versehen sind. Die Stadt Berlin dankte ihm 1896 mit der Würde als Stadtältester. Das Familiengrab der Blankensteins auf dem Kreuzberger Kirchhof I der Evangelischen Jerusalems- und Neuen Kirchgemeinde, Blücherplatz/Ecke Zossenstraße, wurde in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts zum Ehrengrab erhoben.