Das Dorf nordöstlich von Berlin wird urkundlich erstmals 1375 als Besitz des Tamme von Röbel erwähnt, nachdem bereits 1271 ein Anselm de Blanckenborch genannt worden war. Im Laufe der Jahrhunderte wechselten das Dorf und das entstandene Gut häufig den Besitzer. Seit 1710 gehörte das Gut als königliche Domäne und Vorwerk zum Amt Niederschönhausen. 1882 wurde es von der Stadt Berlin aufgekauft, die auf dem Gelände ein Rieselgut anlegte, dessen Felder die Ausdehnung des Ortes einschränkten. Die agrarische Nutzung überwog, und Handel sowie Gewerbe waren wenig ausgebildet. Die Dorfkirche (um 1240) ist erhalten, ebenso weitestgehend der Kern des einstigen Dorfes mit seinem baumbestandenen Anger. Die Umbauung des Angers stammt aus dem späten 19. Jahrhundert, das Baumaterial kam vorwiegend aus der örtlichen Ziegelei. Blankenburg gehörte bis 1920 zum Kreis Niederbarnim, wurde anschließend ein Ortsteil des Berliner Verwaltungsbezirks Pankow und ab 1985 ein Ortsteil des Verwaltungsbezirks Weißensee. Seit der Bezirksfusion 2001 gehört Blankenburg zum Bezirk Pankow, der sich aus den alten Bezirken Pankow, Prenzlauer Berg und Weißensee zusammensetzt.