Sie besuchte die Höhere Mädchenschule und anschließend eine Lehrerinnenausbildungsstätte. Zu Beginn des Ersten Weltkrieges kam sie mit ihren Eltern aus Ostpreußen nach Berlin und fand 1914 eine Anstellung in Pankow. Um ihr Wissen zu vervollkommnen, besuchte sie Vorlesungen an der Berliner Universität und konzentrierte sich bald vorrangig auf das Gebiet der Ur- und Frühgeschichte. Sie besuchte Übungen des Prähistorikers Friedrich Albert Kiekebusch, der ab 1921 das Märkische Museum leitete und ab 1929 einen Lehrauftrag an der Friedrich-Wilhelms-Universität erhalten hatte. Schon 1926/27 organisierte Gertrud Dorka in Pankow die erste Ausstellung zur Ur- und Frühgeschichte. Sie entschloß sich, auf diesem Gebiet der Geschichtswissenschaft zu promovieren. Neben ihrer täglichen Arbeit als Lehrerin holte sie die Prüfungen in Latein und Altgriechisch nach und befaste sich mit der Auswertung von Arbeiten auf ihrem künftigen Fachgebiet. Als dier Nationalsozialisten an die Macht gelangten, sollte ihr Promotionsthema der faschistischen Ideologie angepaßt werden, was sie ablehnte. 1936 konnte sie an der Universität in Kiel promovieren. Da sie in Kiel eine Mitgliedschaft in der NSDAP abgeleht hatte und ihr damit die dortige Arbeitsstelle verwehrt blieb, kam sie nach Pankow zurück und arbeitete bis August 1947 als Lehrerin. Von 1948 bis 1958 war sie Direktorin des Museums für Vor- und Frühgeschichte in Berlin und damit die erste Frau, die ein Museum führte. Zugleich leitete sie das Referat für Bodendenkmalpflege von Groß-Berlin. Gertrud Dorka war Mitglied der Archäologischen Gesellschaft zu Berlin und der Berliner Gesellschaft für Anthropologie, Ethnologie und Urgeschichte. Zu ihren Veröffentlichungen gehören u. a. "Urgeschichte des Weizackerkreises Pyritz", "Altertümer in Neukölln" und "Britzer Bier aus der Völkerwanderungszeit". 1958 ging Getrud Dorka in Pension. 1961 publizierte sie unter dem Titel "Die Altertümer Neuköllns" die erste systematische Übersicht über die vor- und frühgeschichtlichen Funde auf dem Gebiet des heutigen Bezirks Neukölln. Sie wohnte in Niederschönhausen in der Idastraße.