Er lehrte zunächst in Leipzig, später in Berlin. Ab 1694 war Thomasius Professor an der von ihm mitbegründeten Universität in Halle. Er gilt als ein bedeutender Vertreter der deutschen Aufklärung und einer auf Naturrecht gegründeten Rechtswissenschaft. Sein Eintreten für religiöse Toleranz und für die Humanisierung der Strafprozeßordnung trug wesentlich zur Beseitigung der Hexenprozesse und der Folter bei. Er führte 1687 in Leipzig Vorlesungen in deutscher Sprache ein. Thomasius war Gründer der ersten deutschen gelehrten Zeitschrift: "Freymüthige Lustige und Ernsthafte jedoch Vernunfft- und Gesetz-Mäßige Gedancken oder Monats-Gespräche über allerhand, fürnehmlich aber Neue Bücher" (1688 - 1689). 1691 erschienen von ihm "Einleitung zu der Vernunfft-Lehre und Ausübung der Vernunfft-Lehre". Es folgten 1692 "Einleitung der Sittenlehre" und 1696 "Ausübung der Sittenlehre". Weiterhin schrieb er "Versuch vom Wesen des Geistes" (1699), "De crimine magiae" (1701) und "De tortura ex foris Christianorum proscribenda" (1705).