Sie wurde im "Borchardtschen Haus zum Weißen Schwan" am Neuen Markt als Tochter des Arztes Benjamin de Lemos geboren, dessen Urgroßvater, ein portugiesischer Jude, aus seiner Heimat fliehen mußte. Mit 15 Jahren heiratete sie den Arzt und Philosophen Naphtali Marcus Herz, der bis zu seinem Tode 1803 das Jüdische Krankenhaus in Berlin leitete. Die Wohnungen des Ehepaars sowohl in der Spandauer Straße 53 als auch ab 1795 in der Neuen Friedrichstraße 22 waren "Berliner Salons", Treffpunkte des geistigen Lebens. Henriette Herz konnte in ihrem Salon den Prinzen Louis Ferdinand, oft Friedrich Schleiermacher und Friedrich von Schlegel sowie viele andere prominente Zeitgenossen begrüßen. Sie war die Mitbegründerin eines "Tugendbundes", dem sich u. a. auch die Brüder von Humboldt anschlossen. 1817 konvertierte sie zum Protestantismus. In ihren letzten Lebensjahren wohnte sie Markgrafenstraße 59. Ihr Ehrengrab befindet sich auf dem Kirchhof II der Jerusalems- und Neuen Kirchgemeinde in Kreuzberg, Baruther Straße.