Nach der Burg Niedergundelfingen nannten sich die ab 1105 erwähnten Adelsherren. Der Ort schloß sich dem Burgweiler an. Die Herren von Gundelfingen beherrschten bis Mitte des 13. Jahrhunderts das Gebiet, die Herrschaft zerfiel durch Erbteilung. 1546 kam sie an die Grafen von Helfenstein, von denen 1627 an die Fürsten zu Fürstenberg (zunächst die Linie Meßkirch, dann die Linie Stühlingen). Nachdem es zum schwäbischen Reichskreis gekommen war, fiel Gundelfingen 1806 an Württemberg und kam damit 1952 zum Bundesland Baden-Württemberg.